El Estatuto Orgánico es un instrumento que fija los objetivos y principios que rigen el funcionamiento y organización de la Universidad mediante la precisión de facultades dentro del marco establecido por la Ley Orgánica. Dentro de sus funciones el Estatuto Orgánico señala los derechos y obligaciones del personal académico y de los estudiantes, así mismo, consta de un capítulo de responsabilidades y sanciones; establece las facultades, obligaciones y funcionamiento del Consejo de Investigación y Posgrado; y señala los órganos de gobiernos de las Escuelas y Facultades.

Además, este instrumento prevé los requisitos y mecanismos de elección de los concejeros designados y electos del Consejo Universitario; y también dispone el procedimiento de elección del Rector y de las unidades administrativas con las que contará, es decir, de la Secretaría Académica, Secretaría Administrativa, Secretaría de Finanzas, Secretaría de la Contraloría, Secretaría de Extensión Universitaria, Secretaría Particular y la Oficina del Abogado General.

Es importante destacar que la última reforma al Estatuto Orgánico fue en el año 2007.

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