La Ley Orgánica de la Universidad Autónoma de Querétaro es un instrumento creado en 1976, cuyo objetivo es formalizar y precisar las bases de organización, estructura y funcionamiento de la Universidad.

Este instrumento establece el objeto, facultades y dota de autonomía a la UAQ. Además, a través de la Ley Orgánica se señalan cuales son los órganos de la Universidad, cómo están integrados y las facultades con las que cuenta cada uno de ellos; de dichos órganos forman parte: el Consejo Universitario, el Rector, los Consejos Técnicos de las Áreas del Conocimiento, los Concejos Académicos de las facultades, escuelas y planteles, los Coordinadores de las Áreas Académicas del Conocimiento, los Directores de las Facultades y Escuela. Cabe señalar que la Ley Orgánica no se ha reformado desde 1986.